自理报关就是企业自己来操作进出口报关业务，代理报关就是交给国际货运代理公司去报关。
无论是自理报关还是代理报关，对自身的关务管理都是很重要的，特别是想成为AEO认证企业的话，那么就要有符合海关AEO认证标准的报关管理系统信息化管理内部关务，报关管理系统的话云关通的关务系统不错。有进出口经营权的选择自理报关或者代理报关都可以，没有的话那就只能选择代理报关了。
自理报关和代理报关都是针对货物报关而言，两者必须依法在海关注册登记后才能办理报关业务；
两者区别：
1. 自理报关单位是经经贸管理部门批准，有进出口经营权的企业。自理报送单位可以对外签约，并只能向海关办理本身所签约项下的进出口货物的报关手续，不能代办其他单位签约的货物报关手续。
2. 代理报关企业是具有有关部门批准的对外;贸易仓储运输、国际运输工具、国际运输工具服务及代理等业务经营权，兼营报关服务业务的企业。代理报关企业是历史沿袭而成的，如外运、外代公司等。它只能代理该企业所承揽的货物的报关业务。